Procédure devant la cour :
I. Par une requête enregistrée le 26 mars 2015 sous le n° 15NC00558, le département de la Haute-Saône, représenté par la SCP CGCB et Associés, demande à la cour :
1°) d'annuler le jugement n° 1300206 du 29 janvier 2015 du tribunal administratif de Besançon ;
2°) de rejeter la demande de l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté ;
3°) de mettre à la charge de l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté une somme de 3 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.
Le département de la Haute-Saône soutient que :
- le tribunal a annulé à tort l'arrêté du 2 février 2012 dès lors que les travaux en cause étaient achevés et ne contribuaient pas à la réalisation d'un dommage pour l'environnement ;
- le tribunal administratif de Besançon a également commis une erreur de droit en appliquant les principes définis dans la décision du Conseil d'Etat dite SCI du Golf du Parc de Nantilly sans se prononcer sur la seconde condition relative à l'absence de difficultés sérieuses d'exécution d'ordre matériel ou économique ;
- les dispositions du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) du bassin Rhône-Méditerranée n'étaient pas applicables en l'espèce.
Par un mémoire en défense enregistré le 7 septembre 2015, l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté, représentée par Me B..., conclut au rejet de la requête et à ce qu'une somme de 2 500 euros soit mise à la charge du département de la Haute-Saône au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.
Elle soutient que :
- les dispositions du SDAGE étaient bien applicables à l'arrêté du 2 février 2012 ;
- l'arrêté du 2 février 2012 est entaché d'erreur d'appréciation au motif qu'il prescrit des travaux (fossé à l'ouest et déblais) dont les incidences sur les boisements humides riverains et sur la zone à restaurer n'ont pas été analysées.
II. Par une requête enregistrée le 26 mars 2015 sous le n° 15NC00560, le département de la Haute-Saône, représenté par la SCP CGCB et Associés, demande à la cour :
1°) de prononcer le sursis à exécution du jugement n° 1300206 du 29 janvier 2015 du tribunal administratif de Besançon ;
2°) de mettre à la charge de l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté une somme de 3 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.
Le département de la Haute-Saône soutient que les conditions posées au sursis par les dispositions de l'article R. 811-15 du code de justice administrative sont réunies au regard des moyens d'annulation du jugement invoqués dans la requête n° 15NC00558 et de l'absence de moyen de nature à entrainer l'annulation de la décision litigieuse.
Par un mémoire en défense enregistré le 19 juin 2015, l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté représentée par Me B..., conclut au rejet de la requête et à ce qu'une somme de 2 500 euros soit mise à la charge du département de la Haute-Saône au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.
Elle soutient que :
- la requête est irrecevable faute pour le département de justifier de sa capacité à agir ;
- les dispositions du SDAGE étaient bien applicables à l'arrêté du 2 février 2012 ;
- l'arrêté du 2 février 2012 est entaché d'erreur d'appréciation au motif qu'il prescrit des travaux (fossé à l'ouest et déblais) dont les incidences sur les boisements humides riverains et sur la zone à restaurer n'ont pas été analysées.
Vu les autres pièces du dossier.
Vu :
- le code de l'environnement ;
- le code de justice administrative.
Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience.
Ont été entendus au cours de l'audience publique :
- le rapport de M. Richard, premier conseiller,
- les conclusions de M. Favret, rapporteur public,
- et les observations de M. A...au nom de l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté.
Considérant ce qui suit :
1. Par un arrêté du 18 janvier 2005, le préfet de la Haute-Saône a autorisé le département de la Haute-Saône à réaliser des travaux de déviation de la route départementale 486 sur le territoire des communes de Villersexel, Moimay et Les Magny au titre des articles L. 214-1 à L. 214-6 du code de l'environnement. Cet arrêté a notamment prescrit dans son article 8, la reconstitution d'une superficie en zones humides équivalente à celle détruite par les travaux, soit 3,4 hectares, en la subordonnant au dépôt préalable d'un dossier technique par le département.
2. Pour assurer l'exécution de cette prescription, le département de la Haute-Saône a procédé à l'acquisition d'une zone d'une superficie de 4,28 hectares, située dans le Bois de la Chaille, sur la commune de Villersexel. Le projet technique n'ayant été déposé que le 23 novembre 2011, le préfet de la Haute-Saône a, par un arrêté du 2 février 2012, défini les prescriptions complémentaires visant à préciser et valider la nature de la reconstitution de la zone humide dans le Bois de Chaille.
3. Le département de la Haute-Saône relève appel du jugement du 29 janvier 2015 par lequel le tribunal administratif de Besançon a annulé l'arrêté du 2 février 2012 " en tant qu'il ne prescrit qu'une insuffisante compensation de la surface de zone humide détruite par les travaux autorisés par l'arrêté du 18 janvier 2005 " et, par une requête distincte, demande le sursis à l'exécution du jugement.
4. Les requêtes susvisées concernent un même jugement et ont fait l'objet d'une instruction commune. Il y a donc lieu de les joindre pour qu'il y soit statué par un même arrêt.
Sur la requête n° 15NC00558 :
En ce qui concerne le motif d'annulation retenu par le tribunal administratif de Besançon :
5. Le tribunal administratif de Besançon a annulé partiellement l'arrêté litigieux au motif que les prescriptions édictées par l'arrêté du 2 février 2012 en complément de l'article 8 de l'arrêté du 18 janvier 2005 et qui visaient à préciser et valider la nature des travaux de reconstitution d'une zone humide de 4,28 hectares en compensation de la destruction de 3,4 hectares résultant des travaux à réaliser sur la RD 486 n'étaient pas compatibles avec les orientations du schéma directeur d'aménagement de gestion des eaux Rhône Méditerranée (SDAGE RM) 2010-2015 approuvé le 20 novembre 2009, notamment au regard de la disposition 6B-6 préconisant la reconstitution d'une superficie de 200 % de la surface perdue.
6. Les dispositions du I de l'article L. 211-1 du code de l'environnement applicables au litige prévoient que : " Les dispositions des chapitres Ier à VII du présent titre ont pour objet une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau ; cette gestion prend en compte les adaptations nécessaires au changement climatique et vise à assurer : / 1° La prévention des inondations et la préservation des écosystèmes aquatiques, des sites et des zones humides ; on entend par zone humide les terrains, exploités ou non, habituellement inondés ou gorgés d'eau douce, salée ou saumâtre de façon permanente ou temporaire ; la végétation, quand elle existe, y est dominée par des plantes hygrophiles pendant au moins une partie de l'année(...) ". L'article L. 212-1 du même code énonce que: " (...) III.- Chaque bassin ou groupement de bassins hydrographiques est doté d'un ou de plusieurs schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux fixant les objectifs visés au IV du présent article et les orientations permettant de satisfaire aux principes prévus aux articles L. 211-1 et L. 430-1.(...) / XI- Les programmes et les décisions administratives dans le domaine de l'eau doivent être compatibles ou rendus compatibles avec les dispositions des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (...) ". Enfin, aux termes du I de l'article L. 214-3 de ce code : " Sont soumis à autorisation de l'autorité administrative les installations, ouvrages, travaux et activités susceptibles de présenter des dangers pour la santé et la sécurité publique, de nuire au libre écoulement des eaux, de réduire la ressource en eau, d'accroître notablement le risque d'inondation, de porter gravement atteinte à la qualité ou à la diversité du milieu aquatique, notamment aux peuplements piscicoles. Les prescriptions nécessaires à la protection des intérêts mentionnés à l'article L. 211-1, les moyens de surveillance, les modalités des contrôles techniques et les moyens d'intervention en cas d'incident ou d'accident sont fixés par l'arrêté d'autorisation et, éventuellement, par des actes complémentaires pris postérieurement. (...) ".
7. Il appartient au juge du plein contentieux de la police de l'eau d'apprécier le respect des règles de fond régissant les décisions prises en application des dispositions des articles L. 214-1 et suivants du code de l'environnement au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date à laquelle il se prononce. De telles décisions doivent ainsi être compatibles ou être rendues compatibles avec les dispositions du SDAGE Rhône-Méditerranée conformément aux dispositions précitées du XI de l'article L. 212-1 du code de l'environnement.
8. Le SDAGE RM 2010-2015 approuvé par un arrêté du préfet de la région Rhône-Alpes du 20 novembre 2009 comprend une orientation fondamentale n° 6B visant à " prendre en compte, préserver et restaurer les zones humides " qui " (...) réaffirme la nécessité a minima de maintenir la surface des zones humides du bassin Rhône-Méditerranée, et d'améliorer l'état des zones humides aujourd'hui dégradées (...), y compris celles de petite taille qui n'ont pas forcément fait l'objet d'inventaire et/ou sans " statut " de protection réglementaire (...) ". Dans le cadre de cette orientation 6B, la disposition 6B-6 vise à " préserver les zones humides en les prenant en compte à l'amont des projets " et énonce que " le règlement des SAGE peut définir des règles nécessaires au maintien des zones humides présentes sur son territoire ; les services de l'Etat s'assurent que les enjeux de préservation des zones humides sont pris en compte lors de l'élaboration des projets soumis à autorisation ou à déclaration ; les documents d'urbanisme définissent des affectations des sols qui respectent l'objectif de non dégradation des zones humides présentes sur leurs territoires. Après étude des impacts environnementaux, lorsque la réalisation d'un projet conduit à la disparition d'une surface de zones humides ou à l'altération de leur biodiversité, le SAGE préconise que des mesures compensatoires prévoient dans le même bassin versant soit la création de zones humides équivalentes sur le plan fonctionnel et de leur biodiversité, soit la remise en état d'une surface de zones humides existante et ce à hauteur d'une valeur guide de l'ordre de 200 % de la surface perdue perdue ".
9. Cette orientation 6B-6 est d'ailleurs reprise, pour l'essentiel, dans la disposition 6B-04 du SDAGE du bassin Rhône Méditerranée 2016-2021 désormais applicable dans sa version approuvée le 3 décembre 2015 par un arrêté du préfet de la région Rhône-Alpes, préfet du Rhône, préfet coordonnateur de bassin Rhône-Méditerranée.
10. L'orientation 6B du SDAGE RM 2016-2021 énonce en effet en introduction qu'il s'agit notamment " d'assurer l'application du principe "éviter-réduire-compenser" dans une volonté de cibler au plus juste (la) compensation (des zones humides) par fonction. La compensation doit constituer un recours ultime, ce qui nécessite un travail en amont des projets pour étudier d'autres options qui permettent d'éviter puis, à défaut, de réduire l'impact avant d'envisager une compensation " et la disposition 6B-04 précise qu'" Après étude des impacts environnementaux et application du principe "éviter-réduire-compenser", lorsque la réalisation d'un projet conduit à la disparition d'une surface de zones humides ou à l'altération de leurs fonctions, les mesures compensatoires prévoient la remise en état de zones humides existantes ou la création de nouvelles zones humides. Cette compensation doit viser une valeur guide de 200% de la surface perdue selon les règles suivantes : / une compensation minimale à hauteur de 100% de la surface détruite par la création ou la restauration de zone humide fortement dégradée, en visant des fonctions équivalentes à celles impactées par le projet. En cohérence avec la disposition 2-01, cette compensation doit être recherchée en priorité sur le site impacté ou à proximité de celui-ci. Lorsque cela n'est pas possible, pour des raisons techniques ou de coûts disproportionnés, cette compensation doit être réalisée préférentiellement dans le même sous bassin (cf. carte 2-A) ou, à défaut, dans un sous bassin adjacent et dans la limite de la même hydro-écorégion de niveau 1 (cf. carte 6B-A) ; une compensation complémentaire par l'amélioration des fonctions de zones humides partiellement dégradées, situées prioritairement dans le même sous bassin ou dans un sous bassin adjacent et dans la limite de la même hydro-écorégion de niveau 1 (cf. carte 6B-A) ".
11. Il résulte ainsi de la disposition 6B-6 du SDAGE RM 2010-2015 et de la disposition 6B-04 du SDAGE RM 2016-2021 qui l'a remplacée, qui tendent l'une comme l'autre à prendre en compte la problématique des zones humides en amont des projets susceptibles de les affecter, que les opérations qui doivent être autorisées au titre de la réglementation " IOTA " et qui, à la date d'approbation du SDAGE, n'ont pas déjà fait l'objet de cette autorisation, doivent prévoir la mise en oeuvre de mesures compensatoires à la disparition ou à la dégradation de zones par la création de zones humides équivalentes sur le plan fonctionnel avec le cas échéant, la remise en état d'une surface de zones humides existante et ce à hauteur d'une valeur guide de l'ordre de 200% de la surface perdue.
12. Il résulte de l'instruction que le projet de déviation routière qui a donné lieu à la destruction des zones humides que l'arrêté litigieux vise à compenser, a été autorisé par un arrêté du 18 janvier 2005 pris avant que les dispositions précitées des articles 6B-6 et 6B-04 du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux du bassin Rhône-Méditerranée n'entrent successivement en vigueur. L'arrêté litigieux n'a pour sa part ni pour objet, ni pour effet de porter atteinte à des zones humides existantes dès lors qu'il consiste à mettre en oeuvre les opérations de la reconstitution d'une zone humide prévue par l'article 8 de l'arrêté du 18 janvier 2005 autorisant les travaux de déviation de la route départementale 486 sur le territoire des communes de Villersexel, Moimay et Les Magny. Par ailleurs et en tout état de cause, il résulte de l'instruction que la problématique de la destruction des zones humides due au projet de déviation routière autorisé le 18 janvier 2005 a été suffisamment prise en compte en amont du projet et que les mesures compensatoires décidées par les arrêtés du 18 janvier 2005 et du 2 février 2012 ne sont pas incompatibles avec le SDAGE, compte tenu de la nature et de la surface de 4,28 hectares de la zone humide reconstituée qui est excédentaire à la surface consommée par les travaux, avec la valeur guide de compensation mentionnée au point 11.
13. Il s'ensuit que le département de la Haute-Saône est fondé à soutenir que c'est à tort que le tribunal administratif de Besançon a retenu le moyen tiré de l'incompatibilité de l'arrêté du 2 février 2012 avec les orientations du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux du bassin Rhône-Méditerranée en méconnaissance des dispositions de l'article L. 212-1 du code de l'environnement.
14. Toutefois, il appartient à la cour administrative d'appel, saisie de l'ensemble du litige par l'effet dévolutif de l'appel, d'examiner les autres moyens soulevés par l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté tant devant le tribunal administratif de Besançon que devant la cour en appel.
En ce qui concerne les autres moyens soulevés par l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté :
15. L'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté ne produit aucun élément précis et probant à l'appui de ses allégations relatives à la préexistence de mares humides situées dans le périmètre visé par l'arrêté du 2 février 2012 auxquelles il serait illégalement porté atteinte par l'arrêté litigieux en l'absence, notamment, d'autorisation au titre de la nomenclature des installations, ouvrages, travaux et aménagements (IOTA).
16. L'association requérante ne justifie pas non plus du caractère inadapté et illégal du creusement d'un fossé longitudinal réalisé dans le cadre de l'application de l'arrêté contesté. Il ne résulte pas de l'instruction que l'arrêté du 2 février 2012 qui procède à la reconstitution de zones humides dans le Bois de la Chaille à hauteur de 4,28 hectares, ne permette pas de mettre en oeuvre les mesures compensatoires édictées à l'article 8 de l'arrêté d'autorisation du 18 janvier 2005 dans le respect des intérêts visés à l'article L. 211-1 du code de l'environnement. Le préfet de la Haute-Saône soutient, sans être sérieusement contredit, que le conservatoire des espaces naturels de Franche-Comté, exerçant une mission d'assistant au maître d'ouvrage, pour la création des huit mares prévues dans le cadre de la reconstitution de la zone humide du Bois de la Chaille, n'a exprimé aucune réserve sur les partis pris par les services de l'Etat, les premières observations réalisées lors du printemps consécutif aux travaux de reconstitution ayant permis d'observer la recolonisation de ces mares par des amphibiens. Enfin, la circonstance que la reconstitution de la zone humide aurait pu être réalisée selon d'autres procédés que ceux qui sont mis en oeuvre par l'arrêté du 2 février 2012 ou que l'ensemble des préconisations du bureau d'études n'aient pas été mises en oeuvre, n'est pas en soi de nature à entacher d'illégalité cet arrêté. Dans ces conditions, le moyen tiré de ce qu'en adoptant l'arrêté du 2 février 2012, le préfet de la Haute-Saône a méconnu les dispositions des articles L. 211-1 et suivants du code de l'environnement ne peut qu'être écarté.
17. Il résulte de tout ce qui précède que le département de la Haute-Saône est fondé à soutenir que c'est à tort que, par le jugement contesté, le tribunal administratif de Besançon a annulé, à la demande de la Commission de protection des eaux de Franche-Comté, l'arrêté du 2 février 2012.
Sur la requête n° 15NC00560 :
18. Dès lors que la cour statue par le présent arrêt sur la requête du département de la Haute-Saône tendant à l'annulation du jugement du 29 janvier 2015 du tribunal administratif de Besançon, les conclusions tendant à ce qu'il soit sursis à l'exécution de ce jugement sont privées d'objet. Il n'y a donc pas lieu d'y statuer.
Sur l'application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative :
19. Les dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mise à la charge du département de la Haute-Saône qui n'est pas, dans la présente instance, la partie perdante, la somme que la Commission de protection des eaux de Franche-Comté demande au titre des frais exposés par elle et non compris dans les dépens.
20. Dans les circonstances de l'espèce, il n'y a pas lieu de faire droit aux conclusions du département de la Haute-Saône présentées sur le fondement de ces mêmes dispositions.
D E C I D E :
Article 1er : Le jugement n° 1300206 du 29 janvier 2015 du tribunal administratif de Besançon est annulé.
Article 2 : La demande de l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté est rejetée.
Article 3 : Il n'y a pas lieu de statuer sur les conclusions de la requête n° 15NC00560 tendant au sursis à l'exécution du jugement du 29 janvier 2015 du tribunal administratif de Besançon.
Article 4 : Les conclusions du département de la Haute-Saône et celles de l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté tendant à l'application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées.
Article 5 : Le présent arrêt sera notifié à l'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté, au département de la Haute-Saône et au ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie.
Copie en sera adressée au préfet de la Haute-Saône.
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N° 15NC00558-15NC00560